Хан Хэнтийн уулархаг нутгийн амьтны аймгийн талаар гадаад, дотоодын олон эрдэмтэд судалж нилээд материал хэвлүүлсэн байдаг. Анх 1930-аад оны эхээр Оросын эрдэмтэн Е.В.Козлова удирдсан амьтан судлалын хээрийн шинжилгээний анги Хэрлэн, Туул голуудын эх, Хэнтий ууланд шувуу, хөхтөн амьтны талаар судалгаа хийж эхэлсэнээс хойш Хэнтийн нурууны туруутан амьтад, мэрэгчид, усны булга, жижиг хөхтний болон томоохон голуудын загасны судалгааг хийсээр иржээ.

Хан Хэнтийн уулсын систем нь Монгол орны амьтны аймгийн газар зүйн мужлалаар (Банников, 1954) Хэнтийн тойрогт хамаарна. Хэнтийн нурууны төв хэсэг буюу Онон, Хэрлэн, Туул, Хараа, Ерөө, Минж голуудын савын эхний уулзвар болсон зэлүүд хөвч тайга нь хөхтөн амьтны зүйлийн бүрэлдэхүүнээрээ Евразийн шилмүүст тайгын хөхтөн амьтны бүрэлдэхүүнтэй ойролцоо юм. Одоогоор Хан хэнтийн ТХГН-т хөхтөнөөс шавж идэштэн 5, сарьсан далавчтан 4, туулай хэлбэртэн 4, мэрэгчид 19, махан идэштэн 13, туурайтан 5, мөлхөгч 1, шувуу 253 зүйл буюу 6 баг, 15 овог, 27 төрөлд хамаарах 50 гаруй зүйл амьтан байгаа нь Монгол орны амьтны аймгийн 40 шахам хувьтай тэнцэх амьтад байршин амьдардаг болохыг судлаачид (Мэндбаатар, Амгаланбаатар, 1999) судлан тогтоожээ.

Одоогоор тус ДЦГ-т ховор 5 зүйл,  Монгол улсын Улаан Номонд орсон 5 зүйл, Ховордсон амьтан, ургамлыг худалдаалах тухай олон улсын Конвенц (CITES)-ийн 1, 2 дугаар хавсралтад орсон 5 зүйл хөхтөн, 4 зүйл шувуу байгаа нь тус газарт амьтны аймгийг хамгаалах ажил нь ихээхэн чухал, ач холбогдолтой  болохыг илтгэнэ. 

Хан Хэнтийн ТХГ-т усны могой, рашааны могой, бамбай хоншоорт могой  гэсэн 3 зүйл могой, 1 зүйл монгол бах, 2 зүйл гүрвэл, 2 зүйл мэлхий тэмдэглэгджээ. Эдгээрээс шивэр гүлмэр (Salamandrella Keyserlingii) нь  Монгол Улсын Улаан номонд (Мөнхбаяр, 2000) орсон байна.

Загасны судалгаанаас үзэхэд Туул, Ерөө голын савд 15 зүйл загас, 50 орчим зүйл бентос зонхилон амьдардаг бол Хэрлэн голд 23 зүйл, Онон голд 28 зүйл загас тархан амьдардаг байна. ТХГ-т Монгол Улсын Улаан номонд орсон шивэр хилэм (Acipenser baeri),  хар мөрний хилэм (Acipenser   schrencki), тул (Hucho taiman),  гэсэн нэн ховор 3 зүйлтэй. Агнуурын өндөр ач холбогдолтой зэвгэ, ердийн ба Амарын цурхай,  шивэр сугас, бух сугас, хэлтэг, булуу цагаан, гутаарь, цулбуурт , алгана зэрэг 19 орчим зүйл  загастай. 

Одоогоор Хан Хэнтийн тусгай хамгаалалттай газрын ойн хортон шавжийн бүрэлдэхүүнд 7 баг, 114 зүйл шавж бүртгэгдээд байгаагаас хатуу далавчтан (Coleoptera), хос далавчтан (Diptera) багуудын шавж нилээд давамгайлдаг.

Хан Хэнтийн ДЦГ-ын бараг бүх ойт нутгийн голын хөндий шинэс, хус, улиас, бургас, моносон шугуйгаас д.т.д.1700-2000м хүртэл өндөр бүхий таг, цармын сийрэг ой, ширэнгэ төгөл хүртэлх голдуу унанги дархи бүхий газарт өргөн тархацтай мэрэгчид нь жирх (Tamias sibirica Laxm), ойн хүрэн оготно (Clethrionomus rutocanus Sundv) зэрэг болно. Мэрэгчид дотроос нэн элбэг нь хэргэлзий оготно юм. Тагийн бүслүүрийн бутлаг ургамалшил бүхий биотопод чандага элбэг дайралдана. Хэнтийн уулсад 4 зүйлийн туулай амьдардаг.